Desa Medalem terletak 3 km dari ibukota Kecamatan Senori dan berjarak 43 km disebelah selatan ibu kota Kabupaten Tuban, luas wilayah Desa Medalem adalah 570,1 Ha. Terdiri dari sawah tadah hujan dengan luas 543 Ha, rigasi dengan luas 7 Ha, tegalan dengan luas 75,1 Ha. Pemukiman dan pekarangan dengan luas 35 Ha,  sedangkan hutan dengan luas 59 Ha.

Desa Medalem merupakan sebuah desa yang terletak dipegunungan dengan ketinggian 100-400 m dari permukaan laut.

Batas wilayah administrasi desa Medalem meliputi:

Sebelah Utara: berbatasan dg Ds. Ngrojo dan Kablukan, Kec. Bangilan, Kab. Tuban

Sebelah Selatan        : berbatasan dg Ds. Jatisari dan Kaligede Kec. Senoroi Kab. Tuban

Sebelah Timur: berbatasan dg Ds. Sendang , Kec. Senori, Kab. Tuban

Sebelah Barat: berbatasan dg Ds. Sidotentrem Kec. Bangilan Kab. Tuban

Jarak tempuh Desa Medalem ke ibu kota kecamatan adalah 5 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 15 Menit. Sedangkan jarak tempuh ke ibu kota kabupaten adalah 56 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 75 Menit.